Tim sepak bola SMA Pangudi Luhur Yogyakarta meraih juara 2 dalam kegiatan invitasi sepak bola antar SMA/SMK yang diadakan oleh Seksi Pengembangan Prestasi Siswa Bidang Pendidikan Menengah Dinas Kota Yogyakarta. Invitasi ini diselenggarakan pada tanggal 28 Februari s.d 6 Maret 2013 di Lapangan Universitas Muhamadiyah Yogyakarta dan diikuti oleh 12 SMA se-Kota Yogyakarta. Tujuan diadakan kegiatan ini adalah untuk menentukan wakil dari Yogya dalam kompetisi LPI (Liga Pelajar Indonesia). Piala diserahkan langsung oleh Ibu RR. Suhartati, S.H mewakili Kepala Bidang Dikmen sesaat setelah pertandingan final.

SMA Pangudi Luhur Yogyakarta sebagai sekolah Pelaksana SKM-PBKL-PSB,  pada tanggal 12 dan 13 Nopember 2012,  mengadakan kegiatan workshop/IHT bagi guru-guru sekolah mitra SMA Pangudi Luhur Yogyakarta yaitu SMA Santa Maria, SMA Pangudi Luhur Sedayu, SMA Taman Madya Ibu Pawiyatan, SMA Institut Indonesia dan SMA Budi Luhur. Masing-masing sekolah Mitra mengirimkan perwakilannya sehingga dalam IHT tersebut berkumpul  21 guru untuk belajar bersama dan  sharing tentang pembuatan bahan ajar dan bahan uji berbasis TIK.

Pada setiap tanggal 10 November selalu diperingati sebagai hari pahlawan, pada tahun ini perayaan tersebut dilaksanakan pada Selasa, 13 November 2012 dari pukul 15.00 wib sampai dengan 17.30 wib dan dilaksanakan di Makam Pahlawan Kusuma Negara Yogyakarta dengan tema “ MARI BERJUANG MENGHADAPI TANTANGAN JAMAN “ yang diikuti oleh sekolah – sekolah katolik di kota Yogyakarta  dari tingkat SD sampai SMA.

Pada tanggal 1 s/d 3 November 2013 Siswa – siswi SMA Pangudi Luhur bersama sekolah mitra ( SMA Taman Dewasa, SMA Santa Maria dan SMA Pangudi Luhur Sedayu ) mengadakan Latihan kepemimpinan Tingkat Dasar ( LKTD ) bertempat di Youth Center Salam Sleman Yogyakarta